みなし残業は企業の判断によって労働者が受け入れなければならない制度と考えられていることが多く、そのために様々な問題を生じることも少なくありません。効率よく仕事を行うことができる社員にとっては実際には残業をしなくてもその報酬を得ることができるものとなっていることから、高い報酬を得ることができるものと考えることも多いものですが、実際にはほとんどの場合その想定時間を超えて勤務を行っているのが実態です。特に技術系の企業では様々な問題が生じることも多く、一般的には多くの残業時間が消費されていることになります。しかしほとんどの場合ではみなし残業で設定された以上の時間働いても、これに対する報酬を正当に受け取ることができる場合が少なく、ほとんどがあらかじめ設定された時間で区切られてしまうことが少なくありません。
みなし残業を適用する企業の多くは人件費削減のためにこれを利用するケースが多く、また過剰な残業を防ぐための対策となっているケースも多いものです。しかし実際には設定された時間以上の残業を行っているケースが非常に多く、そのために過剰労働が隠蔽されていることもあるので注意をしなければなりません。みなし残業が強制的に適用されるケースも多くなっていますが、この場合には労働基準法に抵触する恐れがあるため経営者は十分に注意をすることが大切です。また労働者が強制的に適用された場合には、労働基準法違反となる可能性があるためこの点を知っておくと良いものです。